Colegio San Juan Bautista es un colegio Particular Subvencionado gratuito, por lo que está adscrito al Sistema de Admisión Escolar (SAE) donde se realiza la asignación de cupos a través de un procedimiento algorítmico que considera los resultados del orden aleatorio, los criterios de prioridad de los postulantes y las preferencias declaradas por las familias.